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Archive for the ‘Digitale Aspekte’ Category

Splitter: Bundeswehr und Medikamente, xkcd, renovated butter, Anhörung im Sheri Sangji-Fall, ChemDraw

Links, bemerkenswerte Dinge und tragische Fakten aus der weiten Welt des Internets:

  • Medikamentenherstellung durch die Bundeswehr: Immer wieder lernt man neues! Durch den Jahresbericht des Bundesrechnungshof (pdf) wurde bekannt, dass die Bundeswehr selbst Medikamenten und Kosmetika wie auch Sonnencreme herstellt (SPON, Focus, manager magazin). Die Praxis geht dabei auf die 1980er Jahre zurück, als es die Bundeswehr auf Grund der Bedrohungslage des Kalten Krieges als notwendig erachtete, „jederzeit eigene Medikamente herstellen zu können“ und so die Versorgung der Soldaten im Kriegsfall sicherzustellen. Viel bemerkenswerter aber ist dieser Absatz:

    Das Bundesverteidigungsministerium verweist allerdings auf die Gefahr von Arzneimittelengpässen in Deutsch-land. Vier von fünf arzneilichen Wirkstoffen kämen aus China oder Indien, fast alle der in Deutschland verbrauch-ten Antibiotikawirkstoffe würden in Ostasien produziert. Die industrielle Herstellung pharmazeutischer Produkte in Bundeswehrapotheken sei somit Teil der Risikovor-sorge der Bundeswehr, um die Soldatinnen und Soldaten mit Sanitätsmaterial zu versorgen.

    Somit scheinen wir also auch in gesundheitlicher Hinsicht abhängig von China…

  • Wissenschaft trifft Humor: Slate meint zu zu den genialischen xkcd-Comics:

    If you’re not reading the brilliant web comic xkcd, then a) what’s wrong with you? and 2) seriously, go read it. Written by Randall Munroe, it’s arguably the geekiest and most scientifically literate comic on the ’net. The simple stick figures and drawings he uses belie a fiercely intellectual comic that will poke at your brain.

    Besser kann man wohl den Nagel nicht auf den Kopf treffen.

  • Erneuerte Butter: Sollte die Butter trotz oder wegen eines Hurricans doch einmal ranzig werden, so hat „The Culture of Chemistry“ die Lösung parat: „renovated butter“!

    If you can obtain some rancid or spoiIed butter melt some of it in a small pan and pump air through it, using a bicycle pump until there is no Ionger any odor noticeable. Now mix some sweet milk or cream with the butter and pour the whole mass into a screw top jar and shake violently until the butter becomes solid. Pour off the cream and notice that the solid part which remains is the same as fresh butter. This is renovated or process butter.

    Klingt interessant und riecht bestimmt auch so.

  • Sheri Sangji-Fall vor Gericht: Vor knapp zwei Wochen hat die Voranhörung im Sheri Sangji-Fall begonnen. Es geht dabei um den tragischen Unfall der jungen Studentin in einem Chemielabor Ende des Jahres 2009, als sie mit t-Butyllithium hantierte, und ihren anschließenden Tod im Krankenhaus zwei Wochen später (Zusammenfassung und Rekonstruktion).  Auf der Anklagebank sitzt UCLA-Chemieprofessor Patrick Harran als verantwortlichem Laborleiter wegen des Verstoßes gegen Arbeitsschutzgesetze. c&en dokumentiert die bisherigen Anhörungstage (Tag 1, Tag 2, Tag 3). Chemjobber schreibt außerdem regelmäßig über alle Neuigkeiten und Entwicklungen. Uns erinnert der Fall wieder daran, dass Arbeiten im Labor immer mit einem gewissen Risiko verbunden sind und wir nie leichtfertig mit den Sicherheitsvorschriften umgehen sollten. Ihr Tod mahnt gerade verantwortliche Personen dieser Verantwortung auch gerecht zu werden, so dass anderen unerfahrenen Labormitarbeitern ein solches Schicksal erspart bleibt.
  • Revolution durch ChemDraw: Derek Lowe und Kommentatoren erinneren an die Zeiten, bevor es ChemDraw etc. gab, wie mühsam die Erstellung von chemischen Strukturformeln war und welch einer Revolution eine Software wie ChemDraw gleichkam. Insgesamt ist durch moderne Computertools jedoch der Perfektionsdrang gestiegen, aber umgekehrt ersetzt die Maschine auch das Nachdenken: Zwei Versionen sind heute schneller gedruckt als früher eine Grafik von Hand gezeichnet wurde.
    Interessant ist aber auch der Link, den Derek angibt, was Quantenchemie und Computerchemie angeht.
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Klickbare DOI-Links mit Bibtex realisieren

Mit Hilfe von Bibtex und einem passenden Style wie Angewandte können in Latex sehr schöne Literaturverzeichnisse erstellt werden. Um dieses aber noch komfortabler zugestalten soll der Titel eines Eintrags verlinkt werden auf die in der .bib-Datei angegebene doi. Wenn diese nicht vorhanden ist, nehme die url, falls angegeben. Nichts leichter als das!

Zuerst müssen die zusätzlichen Felder „doi“ und „url“ deklariert werden, so dass der Style damit umgehen. Die Definition der ENTRYs kann dann wie folgt aussehen:

ENTRY
  { address
    author
    booktitle
    chapter
    doi
    edition
    editor
    howpublished
    institution
    journal
    key
    month
    note
    number
    organization
    pages
    publisher
    school
    series
    title
    type
    url
    volume
    year
  }

Als nächstes muss eine neue Funktion, die den Link einfügt definiert werden:

FUNCTION {doiurllink}
{ duplicate$ empty$
   { pop$ "" }
   { doi empty$
         { url empty$
               { skip$ }
               { "\href{" url * "}{" * swap$ * "}" * }
               if$
         }
         { "\href{http://dx.doi.org/" doi * "}{" * swap$ * "}" * }
         if$
   }
   if$
}

DIe Arbeitsweise dieser Funktion ist nicht kompliziert: Ist der oberste Inhalt des Stack beim Aufrufen der Funktion nicht leer, so wird mit „\href“ daraus ein Link, falls doi oder url existieren.

Benutzt wird die Funktion, indem sie bei der Formatierung eines Eintragstyps aufgerufen wird. Das Beispiel zeigt die Verlinkung des Titels eines „articles“.

FUNCTION {article}
{ output.bibitem
  format.authors "author" output.check
  format.btitle "title" output.check
  doiurllink
  crossref missing$
    { journal
      "journal" output.check
      add.blank
      format.vol.num.pages output
      format.date "year" output.check
    }
    { format.article.crossref output.nonnull
      format.pages output
    }
  if$
  note output
  fin.entry
}

Edit: Der Befehl „\href“ stammt aus dem Package hyperref, das für korrektes Funktionieren eingebunden werden muss.
Credit: Link

Kategorien:Bibtex, Digitale Aspekte, Latex Schlagwörter: , ,

Lernen im Netz

Lange schon ist das Internet als das „Medium des Wissens“ beschrieben worden, das jedem Teilnehmer jederzeit Zugang gewährt zum gesammelten Wissen (oder Unwissen) der Menschheit gewährt. Der immense Erfolg der Online-Enzyklopädie ist dabei ein wichtiger Schritt. Aber das Internet ist auch ein Markt der Zukunft, was Bildung analog zur universitären Ausbildung angeht.

Plattformen wie Coursera, Udacity oder edX.org bieten komplette Vorlesungen an Hand von Videomitschnitten verbunden mit Tutorien. Zusätzlich ersetzt ein Forum den direkten Austausch der Studenten in der Mensa. Wer die Anforderungen der Kurse erfüllt und beständig mitarbeitet, bekommt am Ende sogar ein Zertifikat, das allerdings später einmal kostenpflichtig werden soll auf edX, hinter dem die amerikanischen Elite-Universitäten Harvard, Berkely und MIT stehen. Die Zahl der Kurse ist hier im Moment noch sehr beschränkt, sieben an der Zahl, die aus dem Bereich Chemie, Elektrotechnik und Informatik kommen, darunter CS50, hier als CS50x, der auf dem Campus zahlenmäßig größte Harvard-Kurs „for majors and non-majors alike“. Coursera dagegen hat ein wesentlich größeres Angebot an Vorlesungen, die von insgesamt 33 Universitäten stammen, darunter Stanford, Princeton oder Duke. Hier sind aber auch einzelne Universitäten außerhalb der USA vertreten. Das Spektrum der Kurse ist entsprechend groß, auch die Geisteswissenschaften werden hier abgedeckt, sei es Philosophie oder Literaturwissenschaft. Aber auch hier bilden die informatiknahen Fächer einen Schwerpunkt. Udacity schließlich ist eine reine Online-Plattform, gegründet von einem Professor, der genug hatte von der universitären Lehre. Damit hat diese Plattform nicht den Rückhalt der starken Namen von altehrwürdigen Institutionen, jedoch sind die Veranstaltungen nicht bloß die Digitalisierung der On Campus-Versionen, sondern versprechen die größte Innovation.

Natürlich kann das digitale Lernen keinen Hochschulabschluss ersetzen, dafür ist allein die Zahl der Kurse zur gleichen Fachrichtung zu beschränkt. Jedoch hat damit jeder die Möglichkeit nur mit Hilfe eines Internetanschlusses scih weiterzubilden, Grundlagen nachzuholen und so das eigenen Wissen zu ergänzen. In welchem Kurs sehen wir uns online?

Spiegel-Artikel zum Thema: Link

Kategorien:Bildung, Digitale Aspekte Schlagwörter: , ,

Chemisches Computerspiel: EteRNA

Die Pause war jetzt etwas lang, jedoch notwendig. Jetzt ist ChemieUnser zurück mit einem heißen Tipp für alle, die an Wissenschaft und Onlinegames interessiert sind. Nachdem Chemjobber vor einigen Wochen nur Plantville als Beispiel für ein chemisches Computerspiel eingefallen ist, so kam Wired später mit einem langen Artikel über EteRNA, dem Nachfolger des bereits in den Kommentaren bei Chemjobber genannten FoldIt.

Bei EteRNA geht es dabei darum RNA zu designen, so dass diese eine gewisse Form annimmt. RNA dient in der Zelle als Übermittler der Erbinformation und ist eine Abschrift der Erbsubstanz DNA. Die RNA-Sequenz wird anschließend im Prozess der Translation in ein Aminosäuresequenz, folglich ein Protein umgesetzt. Die Abhängigkeit der Form dieser RNA von deren Sequenz ist dabei noch weitgehend unbekannt, weshalb sich eine Kooperation der Carnegie Mellon University und der Stanford University das Prinzip des Crowdsourcing für ihre Zwecke nutzbar macht. Und obwohl sich das Prinzip etwas langweilig und simpel anhört, so ist es ein ausgezeichnetes Knobelspiel mit großem Suchtpotenzial. Während die leichten Rätsel noch mehr ein Pausenfüller sind und schnell gelöst sind, so sind die schweren Rätsel echte Herausforderungen, die auch viel Zeit in Anspruch nehmen und über ein Ausprobieren weit hinausgehen. Erfolgreiche Spieler beschreiben im Forum im Forum ihre eigenen Strategien, um die richtige Struktur zu erreichen. Von daher bietet das Spiel ambitionierten Spielern genauso etwas wie Gelegenheitsspielern und verbringt man einen Nachmittag mit dem Spiel, so ist das im Gegensatz zu anderen Casualgames keine vertane Zeit, sondern eine Art Investition in die Wissenschaft. Somit ist es auch ein Experiment, wie Bürger zur Lösung von wissenschaftlichen Problemen herangezogen werden können, indem man ihren Spieltrieb anspricht, und damit über den rein biochemischen Erkenntnisgewinn hin interessant.

Weiteres auf der Seite von EteRNA und auch in der englischen Wikipedia mit einigen Links.

Bibtex-Stil für die „Angewandte Chemie“

Mit dem Textsatzsystem LaTeX ist gerade für Naturwissenschaftler das Erstellen von größeren Manuskripten, Master- oder Doktorarbeiten kein Problem. Gerade die Möglichkeit mit Tools wie Lyx schnell gut aussehende Dokumenten aufzusetzen, ist ein großer Vorteil und funktioniert ohne lange Einarbeitungszeit (mit „Microsoft Office Word“ sind bestimmt vergleichbare Ergebnisse möglich, jedoch nur mit erheblichem größerem Zeitaufwand im Labyrinth des unendlichen Funktionenschatz von „Word“).

Dabei gelingt es auch spielend mit Biblatex ein Literaturverzeichnis zu erstellen, jedoch braucht es dafür eine Stildatei (.bst), die die Einträge richtig formatiert. An vielen Universitäten ist der Zitierstil des führenden Chemiejournals Angewandte Chemie maßgebend. Zwar findet sich eine Variante im Netz (chemie-online-Thread, hier zum Download), diese ist allerdings längst nicht fehlerfrei und bietet gewisse Dinge wie Doppelzitate nicht.

Chemieunser bietet hiermit einen Bibtex-Style zum Download, der viele Ideen und Wünsche  aus dem chemie-online-Thread aufgreift und implementiert. In der ZIP-Datei ist neben der Stildatei ein Beispieldokument als .tex und .pdf mit einer Beispielbibliographie (.bib) aus den Vorgaben der Angewandten Chemie.

DOWNLOAD

Die Vorteile im einzelnen:

  • Doppelzitate: Wie in der Angewandten üblich können Doppelzitate für beide Ausgaben dargestellt werden (Neue Felder wie twojournal, twovolume etc., Genaueres siehe Readme und .bib-Datei).

  • Integration des „mciteplus“-Packages: Mit diesem Package, das eingebunden werden muss,  können mehrere Literaturstellen in einem Verweis stehen wie in der Abbildung zu sehen (a), b) etc.).
  • DOI-Nummern: Nur bei fehlender Jahreszahl werden DOI-Nummern ausgedruckt. Die übliche Ausgabe von DOI für alle Typen ist lediglich auskommentiert.

  • Unterstützung zusätzlicher Typen: Auch die üblicherweise von makebst ignorierten Eintragstypen wie patent und electronic werden nach den Vorgaben der Angewandten unterstützt.

Bei Problemen mit dem Stil oder Fragen kann die Kommentarfunktion unten genutzt werden oder eine Anfrage per Email an chemieunser[at]gmx.de.

Hashwerte der zip-Datei: MD5: 31ea14404365cdcb0f0d197a478bfc2e; SHA1: d39cdef4750b0fedc275986546a39c5654cdcff0.

[Nachtrag: Für den Stil der Angewandten gibt es außerdem das „biblatex-chem„-Package.]

Kategorien:Bibtex, Digitale Aspekte, Latex Schlagwörter: , ,

META: Wer oder was ist DOI?/DOI-Protocol Handler

Vielleicht ist es schon mal jemand aufgefallen, dass wissenschaftliche Artikel hier im Blog mit einer Adresse verlinkt sind, die auf http://dx.doi.org/  beginnt, gefolgt von einem Zahlencode (z.B. neulich Hartmut Michels Editorial: http://dx.doi.org/10.1002/anie.201200218)  Dieser sogenannte DOI-Link (für Digital Object Identifier) ist eine praktische Sache für Wissenschaft im Netz: Es ist kein absoluter Pfad nötig, der sich auch ändern kann, z.B. wenn der Verlag seine Webpräsenz umstellt, sondern nur der Link auf den Proxy der DOI-Foundation, der dem Browser sagt, wo das gewünschte Dokument im Moment liegt. Und bei einer Änderung seitens des Verlags ist auch nur dort die neue Adresse einmalig zu ändern.

Das Ganze ist also eine Maßnahme gegen die Schnelllebigeit des Netzes mit ständig anderen Adressen. Leider versteht ein Browser wie Firefox standardmäßig nur die oben genannten vollständigen Links. Häufig wird aber online nur die DOI als „DOI: 10.1021/ja3012897″ angegeben. Wie toll, wenn man das Firefox direkt ohne Tippen von „dx.doi.org/ + STRG + V“ aufrufen lassen könnte!.

Leider gibt es dazu im Netz nicht viel brauchbares (oder es funktioniert nicht mehr wie das offizielle Addon der DOI-Foundation). Auch weil es Spaß macht, hat der Autor deshalb selbst Hand angelegt. Das Ergebnis sind zwei Möglichkeiten!

DOI-Searchengine/DOI-Protocol-Handler

  1. DOI-Searchengine: Mit dieser Searchengine können DOI-Links (ohne „doi:“) in der Suchleiste eingegeben werden, es öffnet sich die entsprechende Seite des verlinkten Papers. Download-Link(in den „searchplugins“-Ordner im Firefox-Profil verschieben), Link zu Mozilla Addons. (Credit für die Idee: jepoirrier).
  2. DOI-Protocol-Handler: Hiermit können DOI-Links sehr komfortabel direkt in die Adressleiste eingegeben werden (mit „doi:“). Download-Link(mit Firefox öffnen), Link zu Mozilla Addons. (Credit für die Anleitung: Mikes Musings).

Das Herunterladen ist kostenlos und geschieht auf eigene Gefahr. Die verlinkte Software enthält keinerlei bösartigen Code.

Schaut mal wieder vorbei, das DOI-Protokoll kann und soll in Zukunft noch um nützliche Funktionen wie einen Eintrag im Kontextmenü „DOI-Link in neuen Tab öffnen“ erweitert werden.

Kategorien:Digitale Aspekte, Meta Schlagwörter: , ,
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